מעמדו של הפוליגרף כראיה במערכת המשפט בישראל, משתנה בהתאם למערכת בית המשפט בו נידון הנושא או התביעה.
בדיקת פוליגרף איננה ראיה קבילה במשפט הפלילי, גם לא בהסכמת שני הצדדים. יתר על כן, חל איסור על אזכור קיומה של בדיקת פוליגרף, או לחלופין חוסר הסכמה של חשוד לעבור את הבדיקה.
משפט חוזר- בדיקת פוליגרף לא יכולה לשמש כגורם לבקשת משפט חוזר.
הליכי מעצר- בית המשפט רשאי לקבל בדיקת פוליגרף כראיה במעצר לצרכי חקירה.
מעצר עד תום ההליכים- בסוגייה זו אין פסיקה חד משמעית וישנן מספר פסיקות אשר קיבלו את בדיקת הפוליגרף כראיה- (פחימה נ' מדינת ישראל) ומספר פסיקות שלא-(פרץ נ' מדינת ישראל).
הליכים מנהליים- ניתן להסתמך על תוצאות בדיקת פוליגרף בהליכים מנהליים כאשר ניתן לסטות מדיני הראיות.
בדיקת פוליגרף מהווה ראיה קבילה בבית משפט אזרחי, כל עוד קיימת הסכמה משותפת של שני הצדדים לקבלת ממצאי הבדיקה. בתי המשפט הנעזרים בבדיקות פוליגרף כראיה, באמצעות חוות דעת מומחה פוליגרף הינם: בית משפט לענייני משפחה, בית משפט לתביעות קטנות, בית משפט לתעבורה.
לרוב יבדקו בפוליגרף סכסוכים עסקיים, כספיים, ואימות גרסאות.
בדיקת פוליגרף מהווה ראיה קבילה בבית משפט רבני. השימוש בבדיקת פוליגרף הינו נפוץ בעיקר בנושאיי אימות גרסאות בזוגיות, ונושאים משפחתיים.
